Медицинские науки были широко развиты в исламском мире. Работы греческих медицинских теорий, особенно работы Галена, были переведены на арабский язык, и последовал поток медицинских текстов исламских врачей, которые были направлены на систематизацию, развитие и распространение классических медицинских знаний. Начали появляться медицинские специальности, например, связанные с лечением глазных заболеваний, таких как катаракта. Ибн Сина (известный на Западе как Авиценна, ок. 980-1037) был плодовитым персидским медицинским энциклопедистом, много писавшим о медицине, двумя его наиболее заметными работами в области медицины были Китаб аш-Шифах (“Книга исцеления”) и Канон медицины, оба из которых использовались в качестве стандартных медицинских текстов как в мусульманском мире, так и в Европе вплоть до 17 века. Среди его многочисленных вкладов - открытие заразной природы инфекционных заболеваний и внедрение клинической фармакологии. Институционализация медицины была еще одним важным достижением в исламском мире. Хотя больницы как учреждения для больных появились в Византийской империи, модель институционализированной медицина для всех социальных классов была обширной в исламской империи и была разбросана по всей территории. В дополнение к лечению пациентов, врачи могли бы обучать начинающих врачей, а также писать и проводить исследования. Открытие Ибн аль-Нафисом легочного кровотока в организме человека произошло в условиях больницы.

Упадок
Исламская наука начала свой упадок в 12-13 веках, до эпохи Возрождения в Европе, отчасти из-за христианского завоевания Испании и монгольских завоеваний на Востоке в 11-13 веках. Монголы разграбили Багдад, столицу халифата Аббасидов, в 1258 году, что положило конец империи Аббасидов. Тем не менее, многие из завоевателей стали покровителями наук. Хулагу-хан, например, возглавлявший осаду Багдада, стал покровителем обсерватории Мараге. Исламская астрономия продолжала процветать в 16 веке.

Западная Европа
Дополнительная информация: Европейская наука в средние века, Возрождение 12 века, Схоластика, Средневековая технология, Список средневековых европейских ученых, и Вклад ислама в средневековую Европу

К XI веку большая часть Европы стала христианской; возникли более сильные монархии; были восстановлены границы; были сделаны технологические разработки и сельскохозяйственные инновации, увеличившие поставки продовольствия и численность населения. Классические греческие тексты были переведены с арабского и греческого языков на латынь, что стимулировало научную дискуссию в Западной Европе.

В классической древности греческие и римские табу означали, что вскрытие обычно было запрещено, но в средние века преподаватели медицины и студенты Болоньи начали вскрывать человеческие тела, а Мондино де Луцци (ок. 1275-1326) выпустил первый известный учебник анатомии, основанный на вскрытии человека.

В результате Монгольского мира европейцы, такие как Марко Поло, начали продвигаться все дальше и дальше на восток. Письменные свидетельства Поло и его попутчиков-путешественников вдохновили других западноевропейских мореплавателей на поиски прямого морского пути в Азию, что в конечном итоге привело к Эпохе открытий.

Были также достигнуты технологические успехи, такие как раннее бегство Эйлмера из Малмсбери (который изучал математику в Англии 11 века) и металлургические достижения цистерцианской доменной печи в Ласкилле.